On Mon, Nov 17, 2003 at 4:00am Alfio Puglisi <puglisi@arcetri.astro.it> wrote:<br>> On Mon, 17 Nov 2003, Eugen Leitl wrote:<br>> <br>> >A considerable desideratum is an interactive nanoscale simulator, with more<br>> >or less accurate forcefields and a good approximation of bond<br>> >breaking/formation (Brenner's potential is too specialized and too coarse,<br>> >but it's a step in the right direction).<br><br>I have to disagree with Eugen here.  Robin and I, I believe, have (offlist) agreed<br>upon the problem being in pathways to assembly -- which is probably a problem<br>more in systems analysis (which Eric very briefly discusses in Nanosystems)<br>and less of a problem of molecular modeling.<br><br>Alfio:<br>> I'm asking: what is your<br>> estimate about the manpower and knowledge required to get an useful tool?<br>> Does one need to be a chemistry expert, or at least interface with one?<br>> Are there standard algorithms and/or formulas that can do the job?<br><br>I address some of the possible costs and time frames in [1].  Robert Freitas<br>has reviewed it and while he doesn't completely agree he doesn't disagree.<br><br>One of the major problems is understanding that nanoassemblers have to<br>be constructed from nanoparts.  First we have to solve the problem of<br>the design of nanoparts -- that is in part what Nano@Home (www.nanoathome.org)<br>is all about (it could use some programmers that want to join one or more of<br>its teams).  Second we need to solve the assembly of nanoparts.  Currently<br>that means either a biological paradigm (e.g. self-assembly of viruses) or<br>a "macro" assembly paradigm (e.g. robotic assembly in factories scaled<br>down to micron and nano scales [what Zyvex is doing]).  I try to outline<br>some paths for all of this in Appendix B of [1].<br><br>Robert<br><br>1. Bradbury, R. J., "Protein Based Assembly of Nanoscale Parts"<br>Normally at: http://www.aeiveos.com/~bradbury/Papers/PBAoNP.html<br>May be available later this week.  The Google cache may or<br>may not have an up-to-date copy if you search for it.<br>