<br><br><div><span class="gmail_quote">On 12/20/06, <b class="gmail_sendername">Jef Allbright</b> <<a href="mailto:jef@jefallbright.net">jef@jefallbright.net</a>> wrote:</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Robert, in your posts to Amara and me yesterday your sense of urgency<br>and frustration comes through loud and clear.</blockquote><div><br>Some days it rips me apart more than others... <br></div><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Thanks for the pointer to the work at Nanorex.  I'm pleased with the<br>work they're doing with atomic level CAD/simulation software (but why in<br>the world did they state performance in terms of hours to process on a
<br>laptop running XP?), but I would like to see much more empirical work.</blockquote><div><br>To be honest I don't know.  I think it has to do with Nanorex backing into the atomic level from the nanofactory (replicator) level.  The nanofactory film was the effort to show the scientists the big picture -- when I think the scientists need more of the "small" picture (given the extent to which the Smalley, Whitesides, et al debates may have led people to believe it was "impossible").
<br><br>There may also be the fact that the simulation of the neon pump that was done in the late '90s by the Goddard group did require a non-trivial amount of "then-era" supercomputer time.  So they may be trying to show how far we have come (from a software & hardware perspective).
<br><br>But the next time I talk to Mark Sims I'll ask him why that "figure of merit" was chosen.<br></div><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
As you may know, until May of 2006 I was a technical manager with the<br>world's leading manufacturer of Atomic Force Microscopes,</blockquote><div><br>Didn't know that.  Thanks for educating me. <br></div><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
The pure designs are neat, but I'd like to know more about how<br>they'll deal with the inevitable contamination from stray atoms and<br>water molecules at various stages of the process.</blockquote><div><br>I know how to solve the problem of extremely pure input streams using biological pores/pumps.  They can be highly selective and if you simply gang enough of them together in sequence you can have ultrapure input streams.  I suspect that RF and RM have thought a bit about the error detection & correction problem and though I haven't seen them talk about it I suspect they have some ideas.  There are various DNA polymerases and I think some ribosomes as well that do "real time" error detection and correction -- its *not* impossible.
<br></div><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">I see some elegant mechanical designs, but I don't see the robustness that comes with the organic configurations of nature. Any pointers to relevant recent thinking on this would be appreciated.
</blockquote><div><br>Until you have a "real" assembler arm design I don't think people are going to think a lot about having it backtrack (or have it followed by a checker & corrector arm).  Walk first, then run.
<br></div><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Robert, on what basis do you think you can scale such a project in such<br>simple terms?  I don't know what else to say here.
</blockquote><div><br>Because in the  Protein Based Assembly of Nanoscale Parts paper I already made a guess as to the costs of enzyme "robots" to assemble the assembler arm.  It was *not* cheap.  But given what we are spending in Iraq I'm rethinking the fact that it seemed prohibitively expensive.  But if we are "leaping" an order of magnitude in nanopart design complexity over ~13 years it suggests that we will be well into the 2030's before we have even a complete nanoassembler arm design (much less a nanofactory design at the atomic level).  If you had a complete arm design (~4-8 million atoms) you could simulate it it action.  That would go a long way towards sending the critics back to the drawing board to come up with some more "buts".
<br><br>Robert<br></div><br></div><br>