<br><br><div class="gmail_quote">---------- Forwarded message ----------<br>From: <b class="gmail_sendername">Blaise Yvert</b> <span dir="ltr"><<a href="mailto:blaise.yvert@u-bordeaux1.fr">blaise.yvert@u-bordeaux1.fr</a>></span><br>
Date: Fri, Mar 11, 2011 at 1:23 AM<br>Subject: [mea-users] Neuromap software freely available<br>To: <a href="mailto:mea-users@yahoogroups.com">mea-users@yahoogroups.com</a><br><br><div style="background-color: rgb(255, 255, 255);">
<span></span><br><div>
  <div>


    <div>
      
      
      <p>

  
  
    Dear colleagues, dear friends,<br>
    <br>
    We are pleased to announce the recent publication of the following
    paper describing Neuromap, a matlab-based software that we make
    available to the community under the GNU GPL license. Please, feel
    free to download and use it !<br>
    <br>
    Abdoun O, Joucla S, Mazzocco C, Yvert B. (2011) <i>NeuroMap :

      A spline-based interactive open-source software for spatiotemporal
      mapping of 2D and 3D MEA data.</i> Frontiers in Neuroinformatics,
    4:119. doi:10.3389/fninf.2010.00119.<br>
    <br>
    A major characteristic of neural networks is the complexity of their
    organization at various spatial scales, from microscopic local
    circuits to macroscopic brain-scale areas. Understanding how neural
    information is processed thus entails the ability to study them at
    multiple scales simultaneously. This is made possible using
    microelectrodes array (MEA) technology. Indeed, high-density MEAs
    provide large-scale coverage (several square millimeters) of whole
    neural structures combined with microscopic resolution (about 50 μm)
    of unit activity. Yet, current options for spatiotemporal
    representation of MEA-collected data remain limited. Here we present
    NeuroMap, a new interactive Matlab-based software for spatiotemporal
    mapping of MEA data. NeuroMap uses thin plate spline interpolation,
    which provides several assets with respect to conventional mapping
    methods used currently. First, any MEA design can be considered,
    including 2D or 3D, regular or irregular, arrangements of
    electrodes. Second, spline interpolation allows the estimation of
    activity across the tissue with local extrema not necessarily at
    recording sites. Finally, this interpolation approach provides a
    straightforward analytical estimation of the spatial Laplacian for
    better current sources localization. In this software,
    coregistration of 2D MEA data on the anatomy of the neural tissue is
    made possible by fine matching of anatomical data with electrode
    positions using rigid-deformation-based correction of anatomical
    pictures. Overall, NeuroMap provides substantial material for
    detailed spatiotemporal analysis of MEA data.The package is
    distributed under GNU General Public License and available at <a href="http://sites" target="_blank">http://sites</a>.
    <a href="http://google.com/site/neuromapsoftware" target="_blank">google.com/site/neuromapsoftware</a>.<br>
    <br>
    Best wishes from Bordeaux,<br>
    Blaise.<br>
    </p><blockquote type="cite">
      
      
       </blockquote>
    <br>
    <pre cols="72">-- 
Research Director
CNRS and Université de Bordeaux UMR 5287
The Aquitaine Institute for Cognitive and Integrative Neuroscience (INCIA)
PI Team 4: Neurotechnology and Network Dynamics
Batiment Biologie Animale B2
Avenue des facultés
33405 TALENCE Cedex FRANCE
Tel. <a href="tel:%2B33%205%2040%2000%2025%2073" target="_blank">+33 5 40 00 25 73</a>
Fax. <a href="tel:%2B33%205%2040%2000%2025%2061" target="_blank">+33 5 40 00 25 61</a>
<a href="http://services.incia.u-bordeaux1.fr/article.php3?id_article=161" target="_blank">http://services.incia.u-bordeaux1.fr/article.php3?id_article=161</a>


</pre></div></div></div></div>



  






</div><br><br clear="all"><br>-- <br>- Bryan<br><a href="http://heybryan.org/">http://heybryan.org/</a><br>1 512 203 0507<br>