<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Mon, Feb 23, 2015  Stuart LaForge <span dir="ltr"><<a href="mailto:avant@sollegro.com" target="_blank">avant@sollegro.com</a>></span> wrote:<br><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">> First, to use your own analogy, you keep looking for the message in the bottle but there is none. The bottle itself is the message</blockquote><div><br></div><div>Yes, and one bottle is identical to another and one molecule of the hormone adrenaline is identical to another molecule of adrenaline so each molecule (or bottle) carries the same identical message (Mr. Heart beat faster) and if it's desirable for the heart to beat even faster the only solution is for the adrenaline gland to secrete more molecules of adrenaline into the bloodstream and wait for them to randomly diffuse to the heart. So you've got a extremely slow extremely extremely low bandwidth extremely primitive communication system.     </div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">> purpose of a molecule is not magically stamped onto it somewhere like some message to be read.<br></blockquote><div><br></div><div>It's not magical it's chemical, and purpose implies intention and molecules have none. But Messenger RNA can certainly read the message in DNA and copy it and translate it into the RNA language, and Ribosomal RNA can certainly read Messenger RNA and translate the  RNA/nucleotide  language into the           amino-acid/protein language.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">> But there is no "bit of information" that it carries that maps to its function in an organism.</blockquote><div><br></div><div>It's not a map it's a recipe, and in the entire human genome there are only 3 billion base pairs. There are 4 bases so each base can represent 2 bits, there are 8 bits per byte so that comes out to just 750 meg, and that's enough assembly instructions to make not just a brain and all its wiring but a entire human baby. So the instructions MUST contain wiring instructions such as "wire a neuron up this way and then repeat that procedure exactly the same way 917 billion times". And there is a huge amount of redundancy in the human genome so if you used a file compression program like ZIP on that 750 meg you could easily put the entire thing on a CD, not a DVD not a Blu ray just a old fashioned steam powered vanilla CD, and you'd still have room for dozens of lady Gaga songs.</div>







<div>  <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">> Furthermore a given molecule often serves different purposes in different cells in the same organism.</blockquote><div><br></div><div>Irrelevant, one molecule is identical to another so whatever the message is it's identical in all of the molecules. And by the way, there are only about 200 different types of cells in the human body. </div><div> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">> The only sense in which the bottle is a "message" is if there was some sort of prearranged agreement between the three actors as to what the bottle "means".</blockquote><div><br></div><div>And that is exactly what happens in both biology and electrical engineering, the adrenal gland has a agreement with the heart what adrenalin means  the memory chip and microprocessor chip in my computer have a similar agreement.    </div><div> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">> Yet it is entirely possible that a system spontaneously arises wherein Alice, Bob, and Carol repeatedly do exactly what I described to the benefit of all three, without any agreement at all. In that situation</blockquote><div><br></div><div>That won't work if Carol doesn't understand Alice's language, or at least it won't work unless Carol understands Bob and Bob understands Alice and Bob can translate; and that's what happens in biology with DNA-RNA-protein. </div><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">>> Oh no are we really going back to the Beckenstein bound, something that virtually no biologist thinks is of the slightest importance? Very well if you want to play that silly game, my iMac has a larger surface area than your brain brain therefore according to Beckenstein it contains more information than  more information than your brain. QED<br>
Yes it's a silly game but you're the one who wanted to play.<br>
</blockquote>
<br>> Oh come now, debate tricks like red herrings are beneath this discussion.</blockquote><div><br></div><div>LOOK WHO'S TALKING! You're the one who brought up the Beckenstein bound not me, so if you say it's relevant to biology (and it's not) then  I can say it's relevant to electrical engineering.  </div><div> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">> I repeatedly stated that the Beckenstein bound is an *upper limit* to the amount of quantum mechanical information that a molecule, brain, or other system could possibly contain.</blockquote><div><br></div><div>And the speed of light is the *upper limit* to how fast my car can go, and now you've learned as much about my car as I learned about  the brain when you said the Beckenstein bound is an *upper limit* to the amount it can contain.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">> Yes most biologists would not think it [ the Beckenstein bound]  was important. So what?</blockquote><div><br></div><div>So it's not important. In fact I wouldn't be surprised if most biologists, even most Nobel Prize winning biologists, have never even heard of the Beckenstein bound and their ignorance has not hampered their biological work one iota. </div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">> And yes by virtue of its larger size, it is theoretically possible within the laws of physics for your iMac to someday to contain more information than a human brain.</blockquote><div><br></div><div>My computer already contains more information than your brain and according to Beckenstein so does a rock provided it has a larger surface area than your brain. Do you think this is important? I don't. <br></div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">> Yes, a good simplification gets rid of pointless wheels within wheels and gets to the essentials.<br><br></blockquote>Essentials?<br></blockquote><div><br></div><div>Yes essentials. </div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">>I thought you didn't believe in immaterial essences?</blockquote><div><br></div><div>Oh, is finding shorter and faster algorithms or avoiding and shuning repetition and unnecessary inessential and needless repetition and redundancy and repetition supposed to be metaphysical now?</div><div><br></div><div>But to tell the truth I do sorta kinda have a metaphysical side, I believe that Information is as close as you can get to the traditional concept of the soul and still remain  within the scientific method. Consider the similarities:</div><div><p>The soul is non material and so is information. It's difficult to pin down a unique physical location for the soul, and the same is true for  information. The soul is the essential, must have, part of consciousness,  exactly the same situation is true for information. The soul is immortal  and so, potentially, is information.                 <br><br>However there are important differences: </p><p>A soul is unique but information can be duplicated. The soul is and will always remain unfathomable, but information is understandable, in fact, information is the ONLY thing that is understandable. Information unambiguously exists, I don't think anyone would deny that, but if the soul exists it will never be proven scientifically.</p></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"> > By general relativity, epicycles are a perfectly valid description of the solar system because all reference frames are valid.</blockquote><div><br></div><div>That is incorrect. No finite number of  epicycles will ever do as good a job as Newton, much less Einstein, because planets don't move in circles, they move in ellipses. Kepler knew that 400 years ago.  </div><div>  <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">> your calculator merely computes patterns of light  and dark on a display and your iPod merely outputs patterns of sound waves.</blockquote><div><br></div>And your brain merely sends electrochemical signals (about one million times slower than the signals in my computer) from one neuron to another. When you break something down into smaller and smaller and simpler and simpler parts then eventually, no matter how gran and glorious and beautiful it is, you will come to a part where you have to use the word "merely" to describe what it does.  <br> <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
</blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">> Yes information is real, yes it causes shit to happen, but it only really *means* anything to an observer capable of decoding and processing it.</blockquote><div><br></div><div>The microprocessor in my computer knows how to decode and process the information it received from the disk drive and Ribosomal RNA knows how to decode and process the information in messenger RNA. If you waht to call a microprocessor and Ribosomal RNA  "observers" that's up to you.</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">> A simulated flame will only burn a simulated object if a programmer instructs it to </blockquote><div><br></div><div>Not necessarily, a programmer might not know and have no way of knowing that a simulated flame that would even appear in his simulation much less that it would burn up a simulated object in it. A purely deterministic computer can behave in ways that the programmer did not and could not expect. It would only take a few minutes to write a program to look for the first even number greater than 2 that is not the sum of two prime numbers and then stop. But will the machine ever stop? I don't know, you don't know, even the computer doesn't know. Maybe it will stop in the next 5 seconds, maybe it will stop in 50 billion years, and maybe it will never stop. If you want to know what the machine will actually do you just have to watch it and see, and you might be watching forever. And just like us the machine doesn't know what it will do until it actually does it. </div><div><br></div><div>And if a little  5 line program can be that unpredictable think about a 5 million or 5 billion line simulation program. </div><div> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">> A programmer cannot simulate what he doesn't understand</blockquote><div><br></div><div>If that were true there would be no point in simulation anything.  </div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">> he can only try to simulate everything about a system that he understands. </blockquote><div><br></div><div>Why simulate something if you already know what it will do?</div><div><br></div><div> John K Clark</div><div><br></div><br>
</div><br></div></div>