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  <body>
    On 23/05/2020 00:56, bill w wrote:<br>
    <blockquote type="cite"
      cite="mid:mailman.6.1590191793.23343.extropy-chat@lists.extropy.org">Completely innocent
      and ignorant question:  how far are we from examining a gene and
      predicting what it will do?  If we could do that, we could design
      genes, splice them in and do our own evolution, eh</blockquote>
    <br>
    Bill, I'd say we are very, very far from this, in general, when
    faced with an unfamiliar gene.<br>
    <br>
    When faced with a familiar one, where we already know what it will
    do under specific conditions, we can probably tell that changes to
    it will make it dysfunctional.<br>
    <br>
    One of the problems is that genes are not as simple as they are
    usually made out to be. A 'gene' is just a sequence of DNA that
    codes for a protein, but that's just the beginning of things, and is
    not even strictly true in many cases. A gene can code for a fragment
    of a protein. Or a fragment of a number of different proteins. Or
    the precursor to one or several proteins, or slightly different
    versions of the same protein, depending on how its transcripted RNA
    is cut up into smaller bits, and recombined with some of these bits,
    or bits from other genes...<br>
    <br>
    Then, the end-product of translating this RNA into a protein often
    goes on to do different jobs in different places under different
    circumstances.<br>
    <br>
    Finally (or probably not finally, there may well be other mechanisms
    at work that I'm not aware of), the gene is subject to control over
    if and when it's expressed at all, by other stretches of DNA
    (usually 'non-coding' DNA), and chemical groups that sit on the DNA
    strand (this is what's known as epigenetics), which are themselves
    gene products, which are subject to control... And so-on. There is
    even evidence that the same stretch of DNA can code for more than
    one thing, with what you get depending on where you start
    (frame-shifting), a little bit like this string of letters
    representing different sentences, depending on where you start, if
    you make the sentences by selecting every third letter: <font
      color="#ff0000">A</font><font color="#004080">A</font>T<font
      color="#ff0000">R</font><font color="#004080">B</font>W<font
      color="#ff0000">E</font><font color="#004080">I</font>O<font
      color="#ff0000">D</font><font color="#004080">G</font>E<font
      color="#ff0000">C</font><font color="#004080">D</font>G<font
      color="#ff0000">A</font><font color="#004080">O</font>G<font
      color="#ff0000">R</font><font color="#004080">G</font>S. Genetics
    is full of tricks like this.<br>
    <br>
    It's basically a massive spaghetti program, written in a language we
    only partially understand. Predicting what one gene will do is like
    predicting what will happen if you change one variable in a
    monolithic, multi-million-line program written in BASIC, with heavy
    reliance on GoTo statements. In fact, I'd say it's worse than this.<br>
    <br>
    It's probably no more possible to tell what a single unknown gene
    will do that it is to tell what a particular unknown pattern of
    cells will do in Conway's Game of Life. The only way to find out is
    to run the program and see what happens. So we'd have to have a
    massive simulation of all the biochemistry of an entire organism
    before we could tell what a single gene does, and we are a very long
    way from that.<br>
    <br>
    This is why no-one has made more than trivial progress with genetic
    engineering to produce novel features. People talk excitedly about
    using CRISPR to give people things like an extra thumb, or extend
    our vision into the ultraviolet. We have no  clue how to do things
    like this, and we would be fumbling in the dark in a room full of
    mantraps to even try it.<br>
    <br>
    I very much doubt that genetic engineering is the way to enhance
    ourselves in significant ways. I hope I'm wrong (because it would
    mean that we are, collectively, MUCH cleverer than I suspect we
    are), but I have severe doubts.<br>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Ben Zaiboc</pre>
  </body>
</html>