<div dir="ltr"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Apr 8, 2021 at 6:07 AM Stathis Papaioannou <<a href="mailto:stathisp@gmail.com" target="_blank">stathisp@gmail.com</a>> wrote:</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><div class="gmail_quote"><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">What about Australia and New Zealand?</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="auto"></div></div></div></blockquote></div></div><br></blockquote><div><br></div><div>### There are at least three factors involved here: Geographic isolation, timing of the austral summer and stochasticity of viral spread at low numbers of infected persons. While the Wuhan virus spread rapidly during boreal winter of the Northern hemisphere, its initial appearance coincided with the austral summer and its spread was thus slowed down in the Southern hemisphere. Since Australia and NZ are geographically isolated there were few seed cases and their R0 was limited by the summer weather. With a low number of cases an epidemic is stochastic - it can spread or peter out randomly. Add strict lockdown and the likelihood of the epidemic petering out is higher, even in a genetically susceptible population of European ancestry.</div><div><br></div><div>It is however instructive to compare Australia and NZ to Chile and Argentina - in these countries the virus eventually spread widely, despite draconian lockdowns - but it was out of phase with most Northern hemisphere countries (I am giving links to my Google Drive here, graphs are copies from ourworldindata):</div><div> </div><a href="https://drive.google.com/file/d/1tef_-cP_-uEWBhp53xx4oOXllJ4NeUVG/view?usp=sharing">https://drive.google.com/file/d/1tef_-cP_-uEWBhp53xx4oOXllJ4NeUVG/view?usp=sharing</a><br><br><div>Argentina and Chile did not benefit from geographic isolation as much as A&NZ, so eventually the virus just exploded there, once the austral winter came. Interestingly, both Australia and NZ had a slight bump in cases during austral winter but both petered out - the number of cases was a couple of orders of magnitude below Chile and Argentina (remember that the population of continental South America is 400 million people with some permeability of borders, so the absolute numbers of cases were orders of magnitude higher, more so than you might deduce simply by looking at the graph above which is normalized to deaths per capita).</div><div><br></div><div>It's instructive to look at the phases of pandemic in various countries. Phases of spread will be influenced by timing of seed cases in relation to local climate. Some countries, for example, UK and US, were seeded with large numbers of cases early on during winter, resulting in a rapid spread, then reduction of cases in the summer, then again massive outbreaks in the following winter, until approaching herd immunity (biphasic spread). Others like Poland and Chechia did not have many seed cases early on and nothing happened there in winter-spring 2020 but eventually they suffered staggering outbreaks in fall 2020-winter 2021 (monophasic spread):</div><div><br></div><div><a href="https://drive.google.com/file/d/1Xcijh-0fTDOtYs0YdyDLg9oM4aGZy0IP/view?usp=sharing">https://drive.google.com/file/d/1Xcijh-0fTDOtYs0YdyDLg9oM4aGZy0IP/view?usp=sharing</a><br></div><div><br></div><div>It's also instructive to look at the cumulative deaths in these countries - regardless of monophasic or biphasic spread, the cumulative deaths trend to a similar level eventually:<br></div><div><br></div><div><a href="https://drive.google.com/file/d/1qOuUm_7nIT3lsJENdK9mVGKgeWxBdluT/view?usp=sharing">https://drive.google.com/file/d/1qOuUm_7nIT3lsJENdK9mVGKgeWxBdluT/view?usp=sharing</a><br></div><div><br></div><div>It's also useful to look at countries that differ in their public health policies and their eventual outcomes - if you compare Sweden and the Netherlands with their laissez-faire approaches to the pandemic with the US, Germany, Poland and the UK with their insane Gestapo policies, there is no difference:</div><div><br></div><div><a href="https://drive.google.com/file/d/15K2R9zUcvq9TIEPfEovXCN1L_YrMK2t2/view?usp=sharing">https://drive.google.com/file/d/15K2R9zUcvq9TIEPfEovXCN1L_YrMK2t2/view?usp=sharing</a><br></div><div><br></div><div>Now, there are outliers and mysteries. Look at this map:</div><div><br></div><div><a href="https://drive.google.com/file/d/18M_neJttyEXawVSMiMaak-GsgIeqwu-g/view?usp=sharing">https://drive.google.com/file/d/18M_neJttyEXawVSMiMaak-GsgIeqwu-g/view?usp=sharing</a><br></div><div><br></div><div>Why did Finland and Norway have so few cases? Dunno. Why is all of Africa seemingly doing so much better, except South Africa? Blacks in the US suffer from Covid greatly, so it shouldn't be genetics that explains low numbers for Africa - but then, Blacks in the US are not that black, with 25% European ancestry on average IIRC. Maybe it's because blacks in Africa are thinner than their US cousins? We know obesity is a risk factor for severe Covid infection, so maybe that's the explanation. Or maybe African nations, being poor, just don't keep track of Covid deaths. But what about the Arab world? Sky-high obesity rates but hardly any cases? Does something about being Arab protect you from the virus but being Persian doesn't? Maybe, Persians are closer genetically to Europeans, so maybe that's why Arabs get fewer infections. But why do Jews in Israel get more infections than Arabs in most Middle Eastern countries? Is it the European admixture in the Ashkenazim? Who knows.<br></div><div><br></div><div>There is a lot of uncertainty but a few points can be made with reasonable confidence:</div><div><div><br></div><div>1) Infection that affects few people is stochastic. The number of cases will fluctuate randomly, occasionally reaching zero - which means the epidemic ends. However, once a pandemic reaches a sufficient level of cases it is no longer stochastic, it becomes exponential and it will spread until herd immunity is reached, whether by surviving the infection, by culling of susceptible individuals and their genomes, or by vaccination. </div><div>2) Geographic isolation and effective size of the population play a role in the timing of initial cases and the likelihood of stochastic extinction of disease.</div><div>3) The course of the pandemic is often influenced by climate, especially with diseases spread by aerosols.</div><div>4) The eventual outcome in terms of cumulative deaths per capita is determined primarily by the susceptibility of the population. The genetic part of susceptibility exceeds other modifying factors by orders of magnitude in the Wuhan virus, with European and Amerind populations having highest susceptibility and East Asians having the lowest susceptibility, and with substantial uncertainty (so far) regarding other clades.</div></div><font color="#888888"><font color="#888888"><div><br></div><div>Rafal </div></font></font></div>